Parece ser que has instalado WordPress en un subdirectorio como se describe <a href="https://codex.wordpress.org/Giving_WordPress_Its_Own_Directory">aquí</a>. Desafortunadamente, WordPress escribe en el archivo .htaccess del directorio de instalación, no desde donde se sirve tu sitio.<br />Cuando modifiques las reglas de rewrite en este plugin tendrás que copiar el archivo a donde esté alojado tu sitio. Esto se solucionará en el futuro.